Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA) yang sekarang bernama Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Andalas didirikan bersamaan dengan Fakultas Kedokteran dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 41007/Kab. tanggal 14 Juli 1955, dan diresmikan oleh Wakil Presiden Republik Indonesia tanggal 7 September 1955 di Bukittinggi. Pada waktu itu FIPIA hanya memiliki satu jurusan yaitu Geologi.
Antara tahun 1958-1962, FIPIA Universitas Andalas terpaksa ditutup karena terjadinya pergolakan daerah. Pada tahun 1962 FIPIA dibuka kembali dengan satu Jurusan yaitu Biologi dan selanjutnya pada tahun 1964 dan 1965, berturut-turut dibuka Jurusan Farmasi dan Kimia. FIPIA berobah nama menjadi FMIPA (Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam) pada tahun 1983. Dua Jurusan baru yaitu Jurusan Matematika dan Jurusan Fisika dibuka pada tahun 1996. Berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 918/D/2008 Tanggal 24 Maret 2008 jurusan Farmasi dikembangkan menjadi Fakultas Farmasi. Sehingga Fakultas MIPA memiliki 4 jurusan dengan empat program studi yaitu Biologi, Kimia, Matematika dan Fisika. Namun pada tahun yang sama, fakultas berhasil menambah satu program studi baru yaitu Sistem Komputer di bawah jurusan Matematika, atas izin . Dirjen Dikti No. 2204/D/T/2008 tanggal 15 Juli 2008 Sejak tahun 1994 FMIPA juga menyelenggarakan program studi Pasca Sarjana Biologi dan Kimia selanjutnya pada tahun 2010 dibuka pula program pasca sarjana Jurusan Matematika dan Jurusan Fisika. Pada tahun 2006, Jurusan Kimia dan Biologi mulai menyelenggarakan program Doktor (S3). Secara administratif, pengelolaan S2 dan S3 berada di bawah Program Pascasarjana Universitas Andalas.
Dalam rangka peningkatan daya tampung Fakultas dan menampung peminat yang cukup banyak, maka pada tahun 2002 dibuka lagi tiga program studi non regular (sekarang disebut regular mandiri), yaitu Kimia, Biologi, dan Matematika. Selanjutnya, jurusan Fisika pada tahun 2005 juga membuka program studi non regular.
Pada tahun 2007 Jurusan Biologi, Kimia, Matematika dan Fisika dipercaya oleh DIKNAS RI menyelenggarakan Program Basic Sciences S1 Guru berasrama untuk menghasilkan calon guru yang profesional. Pada tahun 2008 jurusan Matematika dan Fisika juga diberikan kepercayaan menyelenggarakan program yang sama.
Peningkatan mutu staf pengajar dimulai pada awal tahun 1980 an, dengan pengiriman staf pengajar ke program S2 dan S3 baik didalam maupun di luar negeri,
jenjang pendidikan S3 sebanyak 52 orang, S2 sebanyak 88 orang , S1 sebanyak 21 dan 19 orang diantaranya bergelar Guru Besar (Professor).
FMIPA pada saat ini mempunyai 41 Laboratorium yang berfungsi untuk mendukung pelaksanaan pendidikan dan penelitian. Disamping itu, terdapat Herbarium Universitas Andalas (ANDA) yang merupakan Herbarium ke dua terbesar setelah Herbarium Bogoriense. Kebun Raya Universitas Andalas yang baru dibentuk juga dikelola oleh staf FMIPA. Kebun Raya ini mempunyai tiga unit yaitu, Hutan Pendidikan dan Penelitian Biologi (HPPB), Arboretum, dan Kebun Tumbuhan Obat Farmasi (KTOF).
Disamping kegiatan belajar mengajar, FMIPA juga melaksanakan kegiatan ilmiah berupa seminar, workshop yang bertaraf nasional dan internasional seperti: Regional Seminar and Workshop on Phytochemical Survey in Natural Product Chemistry pada tahun 1984 dan 1987; Kongres Nasional Biologi pada tahun 1989, Seminar Peran Kimia dalam Industri dan Lingkungan yang dilaksanakan setiap tahun sejak tahun 1998 dan Workshop Kimia Bahan Alam sejak tahun 2001. FMIPA juga berperan aktif dalam penyelenggaraan The International Seminar on Chemistry of Rainforest Plants and Their Utilization for Development pada tahun 1992, 1996 dan 2001. 5th IMI-GT International conference on Mathematies, Statistic and their Applications 2009 (ICMSA), International Workshop dalam Biodversity and Taxonomi 30 – 31 Juli 2009
Dalam melaksanakan proses pendidikan dan penelitian, FMIPA melakukan kerjasama dengan berbagai pihak baik instansi pemerintah maupun swasta seperti PT Semen Padang, Batan, BPPT, Lemigas, Pertamina dan sebagainya. Kerjasama juga dijalin dengan pihak luar negeri, terutama dengan Universitas-Universitas tempat dosen pernah menjalani S3 seperti The University of Western Australia, The University of Melbourne, Universiti Putra Malaysia, Gifu University, Okayama University, Kyoto University, Universite de Rennes dan sebagainya.
Untuk mempublikasikan hasil-hasil penelitian baik yang dilakukan oleh dosen FMIPA maupun peneliti lain, FMIPA mempunyai tiga jurnal yaitu, Jurnal Kimia Andalas yang diterbitkan oleh Jurusan Kimia, Jurnal Biospektrum yang diterbitkan oleh Jurusan Biologi dan Jurnal Ilmu Fisika yang diterbitkan oleh Jurusan Fisika
Jumlah alumni yang dihasilkan oleh kelima jurusan sejak lulusnya alumni pertama pada tanggal 11 Oktober 1969 sampai sekarang adalah 6409 sarjana dan 1351 Apoteker. Para alumni telah menyebar di seluruh pelosok tanah air dan bekerja di lembaga pemerintah maupun swasta seperti Lembaga Penelitian, Perguruan Tinggi, Industri, Rumah Sakit, Bank, TNI dan Polri; Depdiknas, Deperindag, Deptan, Depkes, Dephut, Depkeu, wiraswasta, dan sebagainya.
