Mewujudkan Fakultas MIPA menjadi lembaga pendidikan tinggi yang unggul dalam mengkaji dan mengembangkan ilmu dasar dan sumber daya alam tropis serta menghasilkan lulusan yang berdaya saing pada tingkat internasional  pada tahun  2028.

1. Menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas dan efektif secara berkelanjutan.
2. Menyelenggarakan penelitian dasar dalam mengkaji dan mengembangkan sumberdaya alam untuk menunjang pembangunan berkelanjutan.
3. Mendharmabaktikan ilmu pengetahuan berbasis riset untuk kesejahteraan masyarakat.
4. Mengembangkan organisasi dalam meningkatkan kualitas tata kelola yang baik (good faculty governance), sehingga mampu mengantisipasi dan mengakomodasi perubahan lingkungan strategis.
5. Menjalin kerjasama yang produktif untuk menunjang kegiatan tridharma perguruan tinggi secara berkelanjutan dengan kelembagaan pendidikan, pemerintahan dan dunia usaha di tingkat daerah, nasional dan internasional.

Berdasarkan visi dan misi tersebut maka ditetapkan tujuan strategis (strategic goals) FMIPA jangka menengah, dirumuskan sebagai berikut:

1. Menghasilkan lulusan yang berdaya saing tinggi secara nasional dan mendapat pengakuan pada tingkat Internasional;
2. Meningkatkan produktivitas penelitian dasar dalam mengkaji dan mengembangkan potensi sumberdaya alam tropis untuk menunjang pembangunan berkelanjutan;
3. Meningkatkan implementasi hasil penelitian dalam rangka transformasi ilmu pengetahuan kepada masyarakat;
4. Meningkatkan efisiensi dan efektifitas layanan administrasi, informasi dan komunikasi bagi pihak berkepentingan baik internal maupun eksternal;
5. Memperluas jaringan kerjasama yang saling menguntungkan dengan berbagai lembaga pemerintah/swasta di dalam dan luar negeri untuk produktivitas kegiatan tridharma perguruan tinggi.